在辐射避难所之中，玩家可以自行设计避难所的布局。前期玩家的避难所人口不多，随着避难所的发展，慢慢会有很多新居民入住。这时候如果布局没有设计好的话，避难所里面会变得越来越拥挤，居民的幸福感就会降低，避难所的发展也会逐渐变慢。因此开局必须提前规划好避难所的布局，以避免后续出现人员拥挤的问题。如果玩家刚开始并没有特地设计布局的话，后期调整布局需要重新配置。配置的选项就在主控室里面，进入主控室找到重新配置就会找到一个按钮，按下按钮后会出现重置布局的界面，这时候就可以自由修改布局了。二次修改布局的时候会需要规划好各个区域的用处，而居民多半是住在小房间里面，游戏中有大房间和小房间两种户型，最省空间的方式就是先建造一个大房间，然后将其划分为多个小房间，这样一来大房间里面就能同时住进多个居民了。不过房子的放置位置也是有讲究的，因为后期怪物入侵的地点多半都是固定的，如果没有安排好低房子放置的位置，很有可能导致屋子里面的居民受到严重伤害。

设计布局的关键在于第一层的防御系统，因为后期大部分怪都是直接从大门闯进来的，玩家必须在第一层放置最强大的居民才能防住怪物。设计第一层的建筑物颗尽量多造些能源厂，最好以电厂和可乐厂为主，这样一来即使有怪入侵导致厂区出现损伤也不会造太大的影响。后期有一个强力的怪是死爪，该怪物只会在房间停留十秒，所以最好将一层的房间分隔开来。在这种情况下，其他房间里面的居民就可以在有突发是事件产生的时候立刻过来支援，加起来他们至少能够和死爪战斗一分钟。由于怪物都是从一层开始入侵，所以一层的居民要尽量选择高品质高资质的居民。就算没有那么高的资质加成，至少要保证他们输出和移动速度足够高，同时具备不差的耐打的能力。一般被送出去探索的居民都是战斗力比较高的角色，在放置角色时可以让他们住进一楼，并给他们配好最佳的装备。

后面几层要求就没有那么高了，毕竟只要一层的居民足够，那么顶层的居民就不会遭遇太多的危险。不过后面至少六层以内必须要放置专门的生产建筑，这里建议第二层以电力生产为主，因此居民就放力量值比较高的居民，并配备训练力量的训练室。往上一层就安排水厂，这类厂区需要的属性值是注意力，因此该层就争取把注意力属性拉到最高就行。再往上的三层分别放置可乐厂、花园和医院，其他的建筑物对应着生产建筑需要的属性值进行设置就可以了。实验室也是必备的的，该建筑可以跟运气训练室放在一起，目的是让整个避难所有足够的药物提供。生产武器和装备的建筑就安排在八到九层，有空位再放上广播室用来招人，注意广播室对应的是魅力值，因此在广播室干活的居民魅力值不能太少。总体而言，避难所的布局可以按照每层一种属性来分配。当所有属性都分配完毕以后开始建造宿舍用来增加人口，注意宿舍里面必须配备高练度居民驻守，这样不仅避难所的人口不会太少，也有足够的安全保证。